수원화성박물관의 로고는 '수원 화성'의 성곽과 수원천을 형상화해서 만들었다.
더불어 정조의 꿈이었던 '수원 화성'을 나타내기 위해 파란색을 사용하였다.
성곽 밑에 있는 3개의 선을 '川'이라는 글자를 딴 것으로, 과거부터 미래까지 시원한 물길의 흐름으로 우리민족이 걸어왔고, 나아갈 삶의 '길'을 표현하였다.

첫 번째, 선조들이 단일 민족의 역사와 문화를 지켜내고자 닦아온 옛길의 모습.
두 번째, 우리의 미래를 준비하고자 닦아 나가는 개척의 길.
세 번째, 미래의 후손들도 나아갈 수밖에 없는 길. 즉, 희망찬 미래와 도약의 길을 상징.

이는 전통과 첨단이 공존하는 세계 속의 문화도시이자 신도시로서의 가치를 발휘 할 수원시와, 이를 대표하는 문화건축물로서의 수원화성성곽 이미지를 반영한 Symbol이다.